Las principales amenazas para esta subespecie del chimpancé común son la caza furtiva, la destrucción de sus hábitats, las enfermedades y otras amenazas como el tráfico de mascotas, de ahí que los objetivos de los países que han firmado el compromiso de protección sean, reducir a la mitad los actuales niveles de la caza furtiva y el tráfico de mascotas, además de proteger 16 áreas fundamentales en donde se encuentran estos chimpancés, medidas que se han comprometido a conseguir en los próximos diez años.

Los científicos poco saben de la distribución y número de estas poblaciones, apenas conocen a una cuarta parte de la población de estos chimpancés, debido a en gran parte a los conflictos que tienen lugar en esta parte de África. Ejemplares de esta subespecie fueron objeto de estudio por parte de la primatóloga Jane Goodall.

La subespecie del chimpancé oriental, Pan troglodytes schweinfurthii, declarada en peligro dentro de la lista roja de especies amenazadas de la IUCN,  se distribuye en los países africanos de la República Centroafricana, República Democrática del Congo, Sudán, Uganda, Ruanda, Burundi, Tanzania y Zambia. En Uganda se encuentran bajo protección legal.